據臺灣“中時新聞網”等媒體報道，新冠肺炎疫情暴發以來，臺當局疫苗采購決策、會議記錄、采購金額備受爭議。國民黨立法機構黨團19日稱，臺衛生福利機構將這些資料列為“絕對機密”封存30年，必須到2051年2月25日才能解密，質疑“難道疫苗采購過程有什么見不得人的交易?”

　　臺北市長柯文哲稱，民間企業都公布了疫苗采購價錢，民進黨當局卻神秘兮兮的。國民黨臺北市長參選人蔣萬安批評，陳時中不敢告訴民眾到底花了多少，痛批此舉非常“黑箱”。臺北市副市長黃珊珊認為，使用“公幣”當然要把事情說清楚。

　　迫于輿論壓力，臺當局流行疫情指揮中心指揮官王必勝22日上午終于出面做出回應。他聲稱，疫苗采購合約之所以封存30年，并不是因為被列為機密，也不是一定要等30年才能解密、公開，只要采購合約明定的保密時間一到，隨時都能解密。

　　臺當局流行疫情指揮中心發言人莊人祥則透露，臺當局共買到5351萬劑疫苗，總共花費408.6億元新臺幣，平均每一劑價格為765元新臺幣。

　　不過，不少臺民眾在相關新聞評論區質疑，“那么采購合約規定的保密時間是多久呢?這樣還是不知道什么時候能公開合約啊?”“又拋出一個未知的時間，沒有具體時間承諾。”“為什么總是不一次就透明地說明白呢?”